玉器在成器之前都是未经雕琢的同性质玉石，所以从实质上讲，对玉器的保护就是对天然矿物和岩石的保护。经中国地质博物馆高级工程师姚亚娟女士探索和研究，在玉器保护这一方面总结出了很多有价值的成果。
从防止玉器物理性质的裂隙、崩解以及化学性质上的腐蚀、污染等方面，对玉器藏品的保护主要的有以下三种方法：
一、渗透保护法
指沿玉石的孔隙、裂隙等深入保护性液体，以对其进行加固，使之不易裂开或崩解的一种保护方法。此法适用于保护那些质地较疏松或致密程度较差、裂隙较多、在外界因素的作用下容易裂开或崩解的玉石。此法所用保护液主要是有机试剂，如丙烯酸乳液、甲基丙烯酸甲酯等。从外观上看这种保护方法能确保藏品的特点，即基本上不失真，因而效果好。
二、薄膜保护法
指沿玉器的表面涂上一层高分子有机化合物的薄膜，使之与空气隔绝，进而达到保护目的一种方法。此法可以避免所收藏的玉器遭受氧化、潮解。其所使用高分子有机化合物必须是无色透明的，以甲基丙烯酸酯聚合物、丙烯酸清漆六号、硅橡胶、聚乙烯醇液和丁醛的混合物试剂效果最好。薄膜保护法的优点是简单易行，且对玉器能增强其表面的亮度，从外观上看玉器基本不失真。但是相对渗透法的效果要差一些，而且薄膜要定期更换以防老化。
三、包埋保护法
将玉器包埋在呈固态的透明物质中，使之与空气隔绝，从而达到保护的目的。此法可以避免受保护玉器遭受氧化和减少紫外线辐射。此法所用的包埋物为甲基丙烯酸甲酯聚合物，并在其中添加了紫外线吸收剂。当玉器包埋其中后，即可将其抽成真空，再加聚合，使之成为透明固体。此法的优点是可以长期有效的保护玉器，且由于包埋之后其本身色泽艳丽、透明度好、外形美观、坚固耐用，故本身可以作为艺术品。但此法的缺点亦较突出，即是不易将包埋之后的玉器取出来再现原貌。
